Wat begon als een eenvoudige agrarische nederzetting in de 8ste eeuw, ontwikkelde zich in de loop van de middeleeuwen tot een belangrijk strategisch en bestuurlijk centrum in het Maasland. In 1179 wordt op deze locatie voor het eerst een versterkte site vermeld, wat wijst op de uitbouw van een bolwerk dat niet alleen een residentiële, maar ook een militaire functie vervulde. De naam Sipernau verschijnt pas later in de bronnen, meer bepaald in 1259, wanneer het domein duidelijk als afzonderlijke heerlijkheid wordt geïdentificeerd.
Tijdens de late middeleeuwen kende Sipernau een bewogen geschiedenis. In de 15de en 16de eeuw werd het kasteel bewoond door ridder Adam van Mopertingen, een figuur die in de overlevering bekendstaat om zijn gewelddadige optreden en conflicten met omliggende heerlijkheden. Deze periode weerspiegelt de instabiele politieke en sociale verhoudingen die het Maasland toen kenmerkten. Na deze fase ging het domein via huwelijk over naar de adellijke familie Van Rhoe van Obsinnich, wat opnieuw de rol van familiebanden en erfopvolging in het bezit van heerlijkheden onderstreept.
Een fundamentele wending volgde in de 18de eeuw. In 1729 werd het domein aangekocht door baron Thomas Cornelis de la Marck de Leur, een invloedrijk edelman die zijn machtspositie verder versterkte door in 1741 ook de heerlijke rechten van Elen te verwerven. In die context liet hij vermoedelijk de sterk verouderde en vervallen middeleeuwse burcht afbreken. Op dezelfde site verrees een nieuw kasteel, opgetrokken in een vroege Engelse neogotische stijl, die in deze regio uitzonderlijk was voor die tijd. Het gebouw onderscheidt zich door zijn strikte symmetrie, waarbij de voor- en achtergevel identiek zijn vormgegeven, een zeldzaam en bewust architecturaal statement dat zowel esthetische als symbolische waarde had.
In de daaropvolgende decennia werd het kasteel verder uitgebreid en aangepast. Er kwam een toren bij, evenals een bijkomende bouwlaag, waardoor het silhouet monumentaler werd. Ook werd een neogotische kapel toegevoegd, die het religieuze leven van de bewoners en het personeel weerspiegelde en het domein een bijkomende representatieve functie gaf. Samen met de bijhorende hoeve en dienstgebouwen vormde het kasteel een coherent en zelfvoorzienend geheel, typisch voor adellijke residenties uit deze periode.
Na de Tweede Wereldoorlog brak een minder stabiele fase aan. Het kasteel kende een periode van leegstand en werd uiteindelijk verkaveld en overgedragen aan verschillende particuliere eigenaars. In de tweede helft van de 20ste eeuw onderging vooral het noordelijke dienstgebouw belangrijke wijzigingen, met uitbreidingen aan de achterzijde en de toevoeging van nieuwe dienstgebouwen, aangepast aan hedendaagse noden maar met wisselend respect voor het historische karakter.
Het uitzonderlijke erfgoedbelang van Sipernau werd uiteindelijk formeel erkend in 2005, toen het kasteel, samen met de dienstgebouwen, de hoeve en de neogotische kapel, werd beschermd als monument. Deze bescherming bevestigt de grote historische gelaagdheid van het domein, waarin meer dan twaalf eeuwen bewoningsgeschiedenis, machtsuitoefening, architecturale evolutie en landschappelijke ontwikkeling samenkomen en tot op vandaag tastbaar aanwezig zijn.