Op de locatie van het huidige kasteel van Zwijnaarde bevond zich reeds in de elfde eeuw een burcht, wat wijst op het vroegstrategische belang van deze site binnen het grafelijk machtsgebied rond Gent. Het oorspronkelijke versterkte karakter van het domein past binnen het bredere netwerk van middeleeuwse verdedigingspunten die de toegang tot de stad en haar hinterland controleerden. In 1345 werd het domein door Wouter van Zwijnaarde overgedragen aan de Sint-Pietersabdij van Gent, waarmee het kasteel gedurende meerdere eeuwen deel zou uitmaken van het uitgebreide abdijbezit. Deze overdracht markeerde een belangrijke institutionele verschuiving, waarbij het domein een kerkelijke bestemming kreeg zonder zijn politieke en symbolische betekenis te verliezen.
Vanaf het begin van de vijftiende eeuw speelde het kasteel een rol binnen de grafelijke ceremoniecultuur. Omstreeks 1420 verbleven de Graven van Vlaanderen er tijdelijk voorafgaand aan hun blijde intrede in Gent, een ritueel moment dat de wederzijdse rechten en plichten tussen vorst en stad bekrachtigde. Het kasteel fungeerde in deze context als een representatieve residentie net buiten de stedelijke ruimte.
In 1526 werd het kasteel gebruikt als buitenverblijf van de abt van de Sint-Pietersabdij. In datzelfde jaar vond er een gebeurtenis plaats die het kasteel ook in een breder Europees dynastiek kader plaatst. Isabella van Habsburg, tweede zuster van keizer Karel V en echtgenote van Christiaan II, koning van Zweden, Noorwegen en Denemarken, overleed er op nauwelijks vijfentwintigjarige leeftijd. Haar overlijden in Zwijnaarde onderstreept het belang van het kasteel als verblijfplaats voor hooggeplaatste personen binnen het Habsburgse machtsnetwerk.
Het middeleeuwse waterkasteel, dat zich door zijn omvang en verdedigingsstructuur onderscheidde, werd tijdens het calvinistische bestuur van Gent tussen 1577 en 1584 grotendeels verwoest. Deze periode van religieuze en politieke onrust betekende voor vele kerkelijke eigendommen een dramatisch keerpunt, wat ook voor Zwijnaarde het geval was. In de zeventiende eeuw werd het kasteel heropgebouwd onder leiding van abt Joachim Arsenius Schayck, die het domein opnieuw een representatieve en residentiële functie gaf, aangepast aan de toenmalige architecturale en functionele normen.
Na de Franse Revolutie kwam er definitief een einde aan het kerkelijk bezit van het kasteel. In 1797 werd het openbaar verkocht, samen met de overige goederen van de Sint-Pietersabdij, en verworven door de familie della Faille d’Huysse. In de eerste helft van de negentiende eeuw, omstreeks 1836, liet deze familie het gebouw grondig verbouwen in neoclassicistische stijl, waarmee het kasteel werd aangepast aan de esthetische voorkeuren en het comfortniveau van de hogere burgerij en adel van die periode.
Tijdens de Eerste Wereldoorlog liep het kasteel opnieuw aanzienlijke schade op, wat aanleiding gaf tot een ingrijpende herinrichting in het interbellum. In 1920 ontwierp de Brusselse architect E. Flaneau, in opdracht van de familie della Faille d’Huysse, het huidige omwalde rococokasteel. Deze reconstructie verleende het domein zijn karakteristieke uitstraling, waarin historische referenties werden gecombineerd met een meer decoratieve en landschappelijke benadering. Het kasteel werd daarmee een beeldbepalend element in het landschap van Zwijnaarde.
Baron Etienne della Faille d’Huysse, die gedurende ongeveer vijftig jaar het ambt van burgemeester van Zwijnaarde bekleedde, bleef nauw verbonden met het kasteel tot aan zijn overlijden in 1975. Vandaag heeft het kasteel van Zwijnaarde een nieuwe, hedendaagse functie gekregen als locatie voor seminaries, feesten, presentaties en zakelijke bijeenkomsten. Op die manier blijft het domein actief in gebruik, waarbij de historische gelaagdheid behouden blijft en het kasteel zijn rol als cultureel en architecturaal erfgoed verderzet binnen een moderne context.