Het kasteel van Lilare, zoals het vandaag bekend is, vindt zijn oorsprong in de achttiende eeuw en vormt een materiële getuige van de voormalige heerlijkheid Lilare, die reeds in de twaalfde eeuw in schriftelijke bronnen wordt vermeld. Deze heerlijkheid ontleende haar naam aan de adellijke familie Lilar, waarvan Arnoldus en Ghislenus Lilar in de middeleeuwen als heren van Lilare worden genoemd en het domein als residentie gebruikten. Het oorspronkelijke kasteel fungeerde niet alleen als woonplaats, maar ook als centrum van bestuurlijke en economische macht binnen de heerlijkheid.
In de daaropvolgende eeuwen kende de heerlijkheid Lilare een complexe eigendomsgeschiedenis. Zij kwam onder meer in het bezit van de invloedrijke familie van Egmont, die in de zeventiende eeuw aanzienlijke bezittingen had in de regio. In 1675 werd het domein door deze familie verkocht aan Pieter Blondel. Nadien wisselde de heerlijkheid en het kasteel herhaaldelijk van eigenaar, waarbij onder andere de families Norman, Mathot en Le Mesre de Pas als bezitters worden vermeld. Deze opeenvolgende eigenaars lieten vermoedelijk sporen na in de architecturale aanpassingen en het landschappelijke karakter van het domein, hoewel hierover slechts fragmentarische gegevens bewaard zijn gebleven.
Het huidige kasteelgebouw werd in de achttiende eeuw opgetrokken en weerspiegelt de architecturale opvattingen van die periode, met een statige en evenwichtige opbouw die aansloot bij het representatieve karakter van adellijke buitenverblijven. Van dit achttiende-eeuwse kasteel bleef het centrale bouwvolume bewaard. De zijvleugels ondergingen daarentegen vanaf het midden van de twintigste eeuw meerdere herbouw- en aanpassingscampagnes, die verband hielden met de veranderende functies van het domein.
In 1933 werd het domein aangekocht door de congregatie van de zusters van Franciscus van Assisië. Het kasteel kreeg toen een nieuwe bestemming als rust- en herstelverblijf voor zieken, wat paste binnen de zorgende en pastorale missie van de congregatie. In 1938 werd op het domein een middelbare school opgericht, waarmee Lilare een uitgesproken educatieve functie kreeg en zich ontwikkelde tot een belangrijk centrum van katholiek onderwijs in de regio.
Vandaag vormt het domein van Lilare een veelzijdig onderwijs- en kloostercomplex. Het huisvest het Sint-Franciscusinstituut, bestaande uit een lyceum met internaat, een vrije lagere basisschool en het moederklooster van de zusters van de congregatie van Sint-Franciscus van Opbrakel. Op die manier blijft het historische domein, ondanks ingrijpende functiewijzigingen en bouwkundige aanpassingen, een levend erfgoed dat zijn oorspronkelijke rol als centrum van gemeenschapsvorming en maatschappelijke dienstverlening op eigentijdse wijze verderzet.