De oudste gekende vermeldingen van het Prinsenhof dateren uit de tweede helft van de dertiende eeuw. Het domein fungeerde toen als residentie van de graven van Loon en groeide uit tot een belangrijk machtscentrum binnen het graafschap. Door zijn strategische ligging en zijn omgrachte karakter ontwikkelde het Prinsenhof zich tot een versterkte waterburcht die zowel een bestuurlijke als een residentiële functie vervulde. Na de geleidelijke inlijving van het graafschap Loon in het prinsbisdom Luik kwam het kasteel in handen van de Luikse prins-bisschoppen, die het gebruikten als buitenverblijf en administratief steunpunt in het noorden van hun territorium.
Tijdens de vijftiende eeuw kende het Prinsenhof een woelige periode. In de context van regionale machtsconflicten en interne twisten werd het kasteel herhaaldelijk belegerd en deels verwoest. Deze militaire confrontaties ondermijnden niet alleen de bouwkundige staat van het complex, maar ook zijn politieke betekenis. Toen het graafschap Loon definitief werd opgenomen in het prinsbisdom Luik, verloor het Prinsenhof zijn rol als grafelijke residentie en verminderde het belang van de site aanzienlijk
Een heropleving volgde aan het begin van de zestiende eeuw, toen prins-bisschop Everhard van der Marck het domein opnieuw onder zijn hoede nam. Hij liet het kasteel grondig verbouwen en uitbreiden tot een prestigieus waterkasteel, aangepast aan de residentiële en representatieve eisen van de renaissanceperiode. Het Prinsenhof kreeg toen een meer uitgesproken residentieel karakter, waarbij comfort en uitstraling belangrijker werden dan loutere verdediging. De omringende waterpartijen bleven echter een essentieel onderdeel van het geheel en onderstreepten zowel de status als de veiligheid van de residentie.
In de loop van de zeventiende eeuw werd het kasteel opnieuw getroffen door oorlogsgeweld. Franse troepen vernielden de torens en veroorzaakten zware schade aan de gebouwen. Na deze verwoestingen bleef een volledige heropbouw uit. Het Prinsenhof verloor zijn functie en raakte in verval, waardoor het geleidelijk aan tot een ruïne uitgroeide. Tegen het einde van de achttiende eeuw was het domein grotendeels verlaten en bouwkundig sterk aangetast.
Tijdens de Franse overheersing werd het Prinsenhof in 1798 aangeslagen als nationaal goed en openbaar verkocht. Daarmee kwam een definitief einde aan zijn eeuwenlange band met adellijke en kerkelijke machthebbers. In de eerste helft van de negentiende eeuw bleef de site grotendeels in ruïneuze staat, tot zij rond 1845 werd verworven door de familie Bamps. Deze familie liet in 1861 een deel van de overgebleven ruïnes omvormen tot een bescheiden zomerverblijf, waarbij het romantische karakter van de vervallen resten behouden bleef.
Een ingrijpende nieuwe fase begon in 1914, toen het Prinsenhof volledig werd herbouwd in neorenaissancestijl naar een ontwerp van architect Minnaert. Deze heropbouw gaf het kasteel een historiserend uitzicht dat aansloot bij de architecturale smaak van het begin van de twintigste eeuw en tegelijk een verwijzing vormde naar zijn renaissanceverleden. Het nieuwe gebouw werd opgevat als een statige residentie, aangepast aan hedendaags comfort, maar geïnspireerd door historische vormen en proporties.
In 1950 werd het Prinsenhof aangekocht door gouverneur Verwilghen. Zijn familie bleef eigenaar tot 1984, toen de Stad Hasselt het domein verwierf. Nadien kreeg het kasteel een publieke functie en deed het enige tijd dienst als gemeentehuis van Kuringen. Vandaag wordt het Prinsenhof vooral gebruikt als trouwlocatie en representatieve ontvangstruimte. Zo blijft het kasteel, ondanks de vele verwoestingen, heropbouwen en functiewijzigingen, een tastbare getuige van meer dan zeven eeuwen politieke, architecturale en maatschappelijke geschiedenis.