Het terrein waarop zich vandaag het Blauw Kasteel bevindt, kent een geschiedenis die teruggaat tot het begin van de veertiende eeuw. Reeds in 1304 wordt in schriftelijke bronnen melding gemaakt van een neerhof met een toren en een toegangspoort op deze locatie. Dit wijst op de aanwezigheid van een versterkt domein met zowel residentiële als defensieve functies, typerend voor de laatmiddeleeuwse adellijke bewoning in de regio. Vermoedelijk werd het oorspronkelijke kasteel in de loop van de late middeleeuwen verder uitgebouwd tot een volwaardig feodaal complex, aangepast aan de toenmalige noden van bestuur, verdediging en landbouwexploitatie.
In 1780 werd het middeleeuwse kasteel afgebroken en vervangen door een nieuw gebouw in classicistische stijl. Dit achttiende-eeuwse kasteel werd opgetrokken in blauwe hardsteen, een duurzaam en prestigieus bouwmateriaal dat in die periode vaak werd gebruikt voor statige buitenverblijven. Aan deze materiaalkeuze ontleent het kasteel zijn huidige benaming, Blauw Kasteel. Het nieuwe gebouw weerspiegelde de architecturale idealen van de Verlichting, met nadruk op symmetrie, eenvoud en proportie, en paste binnen de bredere trend van adellijke residenties die hun middeleeuwse defensieve karakter verloren ten voordele van comfort en representatie.
In 1911 kreeg het domein een uitgesproken industriële functie toen Ernest Vergauwen, burgemeester van Scheldewindeke en erfgenaam van het kasteel, er de bronwater- en limonadefabriek Windeke Bron oprichtte. De vestiging van deze onderneming was mogelijk dankzij de aanwezigheid van meerdere ondergrondse waterlagen, die toegang boden tot natuurlijk mineraalwater van geschikte kwaliteit. Dit water werd gebruikt voor de productie van zowel bronwater als limonades, wat het domein een belangrijke economische rol gaf binnen de lokale en regionale context van de vroege twintigste eeuw.
In 1922 kwam het Blauw Kasteel in handen van houthandelaar Augustinus Hul. Gedurende een overgangsperiode verhuurde hij het kasteel aan een sociale organisatie die het domein gebruikte om kinderen uit kansarme milieus een vakantieverblijf te bieden, een initiatief dat aansluit bij de toenemende aandacht voor sociale zorg en welzijn in het interbellum. In 1930 nam Augustinus Hul samen met zijn zoon Leonce zijn intrek in het kasteel. Drie jaar later werd op het domein de brouwerij Hul opgericht, terwijl Leonce tegelijkertijd de bestaande limonadefabriek verder uitbaatte. De brouwerij verhuisde na verloop van tijd naar Merelbeke, maar de productie van limonade bleef op het domein behouden tot 1976.
Tegen het midden van de twintigste eeuw was het hoofdgebouw van het kasteel echter in ernstige staat van verval geraakt. In 1957 werd besloten tot de volledige afbraak van het hoofdgebouw, met het oog op een eventuele heropbouw. Het gebouw werd steen voor steen ontmanteld, waarbij enkel de twee zijgebouwen behouden bleven. Deze deden nadien dienst als stallingen en bijgebouwen, terwijl het centrale kasteelvolume gedurende meerdere decennia afwezig bleef in het landschap.
Sinds 2003 is het domein eigendom van Peter Denoo, die instond voor de heropbouw en restauratie van het kasteel met respect voor zijn historische vormgeving en uitstraling. Dankzij deze ingreep werd het Blauw Kasteel opnieuw een beeldbepalend element in de omgeving. Vanaf 2007 kreeg het domein bovendien een nieuwe invulling door de oprichting van de Bioboerderij Blauw Kasteel, waar het historische erfgoed wordt gecombineerd met biologische groenteproductie. Hierdoor vervult het domein vandaag zowel een cultuurhistorische als een agrarisch-ecologische functie.